Los cocodrilos tienen los ojos, oídos y narices localizados en el mismo plano. Ven bien de día y aún pueden tener visión a color, mas los ojos tienen una pupila vertical —como de gato— que también les da una excelente visión nocturna. El iris es plateado, detrás de la retina que refleja la luz, aumenta enormemente su habilidad para ver con poca luz; esto también hace que sus ojos brillen en la oscuridad. Un tercer párpado transparente, la membrana nictitante, protege sus ojos bajo el agua. Pero no pueden enfocar bajo el agua, lo cual significa que otros sentidos son más importantes cuando ellos están bajo la superficie.
pájaros y la mayoría de los reptiles tienen un anillo de huesos alrededor de cada ojo que sostiene el globo ocular, llamado anillo esclerótico, los cocodrilos carecen de estos huesos. Los tímpanos están localizados detrás de los ojos y están cubiertos por una capa móvil de piel. Esta capa se cierra, junto con las narices y los ojos, cuando se sumergen, evitando que el agua entre en sus aberturas externas de la cabeza. La cavidad del oído medio tiene un complejo de pasadizos de huesos llenos de aire y una ramificación, la trompa de Eustaquio. Hay también un pequeño músculo junto al estribo o sobre él, el estapedio, que probablemente funciona de la misma manera como los músculos estapedios de los mamíferos Mientras que los
